南京城内三大名刹之一的毗卢寺,位于南京市汉府街4号,始建于明嘉庆年间(1522-1566),前身只是城内的一座小庵,因庵堂内供奉毗卢遮那佛，故名毗卢庵。清朝咸丰年间，毗卢庵毁于战火。战后僧人宏量准备在两江总督署前面重建一座毗卢佛殿，但因没有得到总督的允许，后改在西华门外二里今汉府街6号处新建了一座较大的毗卢庵。
现存的毗卢寺，是清朝光绪年间由僧人海峰住持,在原来的毗卢庵的基础上兴建起来的。
海峰原籍镇江，旅居湖南。同治年间,海峰居南岳衡山的齐公岩,刻苦修行。一天湘军首领曾国荃游山,与海峰相见，双方相识成友。清同治三年(1864)七月,曾国荃率领湘军攻陷天京(今南京)之后,为了从心灵上洗刷自己杀人如麻的罪过,拟在金陵城内建造一座佛寺,让和尚代他对那些死去的亡灵进行超度。恰巧这时海峰从湖南来到南京与曾国荃相会，两人在交谈时曾国荃道:“只要你能为我祈祷，今后，如果我总督两江，定为你在金陵建寺。”海峰则立誓代他管理天下名山。光绪十年(1884)曾国荃果然调任两江总督。为了实践前言，他派人找来海峰,叫他在金陵城内择地，建造禅寺。海峰得到两江总督曾国荃的指令和资助，又在湘军中募集了一大笔款项，就在金陵城里选中原来毗卢庵地址，经与宏量商量，在原毗卢庵址建寺。湘军诸将捐巨资建大雄宝殿、万佛楼和藏经楼等。将原毗卢庵旧址周边扩大，东至清西河，西至大悲巷，北至太平桥，南至汉府街，大兴土木，历经数年,建造了一座殿大院深的佛寺。因系建于毗卢庵旧址，故取名毗卢禅寺。
当时毗卢寺的规模十分宏大，主要建筑
有山门、天王殿、大雄宝殿、观音殿、万佛楼、藏经楼、毗卢殿、塔院、法堂、斋堂等。
一进山门为天王殿,再进为大雄殿。殿后为藏经楼。此楼之东为万佛楼,供奉鎏金铜佛像三千尊，每尊高约十厘米,楼中还造有药师塔,楼顶有观音“三十二应身彩塑像”，塔高五层,绕以八角围屏,上列二十四诸天,雕镂极精。楼西北有三圣殿,供接引佛。
毗卢寺东临杨吴城濠,西连督署。如若据河东岸而望,崇楼杰阁,梵字连云，“洵城内第一大刹也”。寺内还藏有曾国荃等人书法及清末民初画家作品。
毗卢禅寺是十方传法系寺庙。首任方丈即海峰大师,海峰之下有方丈资禅、芳田。光绪二十八年(1902)后有方丈业文(字印魁)、舣波、古县、广明等。光绪中叶至宣统初年，显文住持开展禅学研究。宣统元年(1909),请谛闲大师来寺主讲天台宗教义。民国元年(1912),方丈瑞生传天台宗。同年，太虚在毗卢寺筹办中国佛教协进会(在镇江金山寺开成立大会)、从事讲学和教务活动。1920年，瑞生举行圆通大戒，受戒弟子中有比丘九十人讲学把三十人，男居士十八人，女居士二十九人。同年，瑞生圆寂，由观同、务道相继任方丈。1932年4月，中国佛教会会址由上海迁往南京毗卢，由太虚、杨仁山、王一亭、谢铸陈等常委主持会务。1940年,寺僧务道于寺内创办毗卢佛学院。抗日战争时期，南京被日寇占领，中国佛教会迁往陪都重庆，寺址被汪伪政府警卫处通讯队占用。
1941年，日本人赠送桧木雕十一面观音像一尊,高十一米,由栖霞寺僧大本至日本迎请。又将原禅堂扩建,后墙加高,改名观音楼，供奉东来观音大士。
1945年春,毗卢寺传授三堂大戒,峻岭任方丈兼得戒师。抗日战争胜利后，中国佛教会和中华佛学研究会由陪都重庆迁回南京毗卢寺，太虚住会办会。
1946年4月28日,太虚在毗卢寺召开中国佛教整理委员会常务委员会议。同年9月,中国宗教徒联谊会由南京卧佛寺迁至毗卢寺,常务理事长太虚和总干事长卫立民住会办公。同年，由中国宗教徒联谊会理事、佛教居士、民国政府最高法院院长、中央国医馆馆长焦易堂,中国宗教徒联谊会总干事长卫立民,南京市名中医张简斋、隋翰英、施今墨、时逸人,药材公司王九香等二十余人于毗卢寺发起筹建首都中医院活动,方丈峻岭和退居老和尚务道协商,捐地两亩,不久在毗卢寺成立董事会,公推于右任为董事长,焦易堂等为董事。
1947年5月26日,在南京毗卢寺召开全国佛教代表会议,推举章嘉活佛为中国佛教会理事长，江都雪嵩法师任秘书长。1948年,首都中医院正式在南京毗卢寺召开成立大会。由施今墨负责医药业务，张简斋、隋翰英、施今墨、时逸人到院应诊。并举办了中医进修班，招收学员数十人，为国家培养了一批医务人才。
南京毗卢寺为天下共知,主要在中华民国建都南京之时。因其坐落在民国政治文化中心--长江路的起首,而一跃成为全国佛教的中心。中国佛教会、中华佛学研究会、中国宗教联谊会、首都中医院皆设于此。其时民国要人也常来这里拜谒，连孙中山先生也曾亲往静思。
1949年4月23日南京解放后,方丈峻岭离任赴上海,由映澈法师继任1950年,首都中医院由南京市卫生局接管,原地址归居民使用。1955年,中国国务院周恩来总理陪缅甸吴奴总理来毗卢寺参观、访问、拜佛。1956年接待世界佛教代表团。1966 年开始的“文化大革命”中,僧众被赶出庙门房屋殿堂被江苏无线电厂占用,万佛楼的三千鎏金铜佛全部散失，十一面观音桧木雕像被拆毁送南京工艺雕刻厂另作他用。
1998年毗卢寺恢复正常宗教活动。2004年万佛楼复建完工。如今徜徉在香烟缭绕的毗卢寺中,据说是曾国荃当年亲手种植的两株银杏,硕果累累,仿佛在诉说着百年的因果轮回。当年扩建的大雄宝殿里，从南岳运来的香木立柱依然幽香袭人,殿后两棵有着三百年历史的黄杨古树下,两口古井的井水依旧清冽甘甜。穿过黄杨古井,拾级而上,斗拱飞檐中“万佛楼”三个描金大字熠熠生辉。楼外黄墙红窗,琉璃飞檐,叠映成趣。楼内雕梁画栋珠灯藻井,一万余尊形态各异的鎏金铜佛,宝相庄严,令人目不暇接。如今的毗卢寺,已成为南京城内三大名刹之一。